A jármű robusztus karosszériájában és merev felépítésében előnyös, a kilenc légzsák és a Crew Protect Assist technológia szintén jelentős szerepet játszik a biztonság növelésében. Ez biztosítja, hogy közvetlen baleset esetén az első biztonsági övek behúzódjanak, az ablakok (a tetőablakot is) bezáruljanak, az úgynevezett többszörös ütközésű fék aktiválódjon, az üzemanyag-ellátás megszakadjon, az ajtók ki legyenek zárva és az összes irányjelző be van kapcsolva.
Az EuroNCAP a gyalogosok védelmét 71 százalékra értékelte. Ehhez képest a jelenlegi Mercedes-Benz E-osztály elérte a 77 százalékos szintet, ami kiváló eredmény.
Az aktív biztonságot 54, a gyermekvédelmet 77, a felnőtt utasokat pedig 94 százalékban értékelték. Egy tízéves gyermek esetében azonban a nyaki terület védelme nem működött a legjobban, ahol a Kodiaq piros "Gyenge" minősítést kapott. Egy hatéves gyermek esetében az EuroNCAP nem regisztrálta ezt a problémát.
A Škoda jó hírnévnek örvend az EuroNCAP tesztjeiben és remek eredményeket ért el. A Kodiaq SUV a hetedik modell, amely a lehető legnagyobb számú csillagot, azaz ötet kap. Eddig a Fabia, a Rapid, a Citigo, a Yeti és a Superb sikerült. Most ugyanarra az eredményre számítunk a Karoq legújabb crossoverjével is.