2005-ben Rafael Nadal utolsó ellenfele Spanyolország első diadalán a Grand Slam-en Roland Garroson, röviddel ezután pozitív eredményt ért el az stimuláns etilephrinről.
Puerta már doppingelőzményekkel rendelkezett, és tízéves távolsággal fenyegették. Azonban azzal védekezett, hogy azt állította, hogy a tiltott anyag tévedésből került a szervezetébe, amikor ivott egy pohár vízből, amelyben feleségének menstruációs fájdalomra adott gyógyszereket adott. Két évre csökkentette a büntetését a Sportdöntőbíróság (CAS).
"Ez a magyarázat hazugság volt. De nem kaptam semmilyen sportelőnyt, csak nem akartam, hogy az emberek többé csalóként tekintsenek rám." A 41 éves argentin elmondta a La Nacionnek. Valójában koffeint és ginzenget tartalmazó étrend-kiegészítőt szedett abban az időben, amely etilephrin nyomokat is tartalmazott: "Nem tehettünk semmit, mert nem a törvényeket vettük, ahogy mondanám, az ügyvédek. Az ügyvédeim azt tanácsolták, hogy rejtsem el a valójában történteket."
Az események új verzióját a Puert korábbi edzője, Andres Schneiter kérdőjelezte meg. "Megkérdeztem tőle, hogy miről van szó, és elmondta, hogy nem tudja. Tudtam, hogy hazudik. Válasza nem tűnt őszintének számomra, azt hittem, hanyagul élvezi." Schneiter elmondta az AFP-nek. Puerta 2007-ben visszatért, miután távja lejárt, és két évvel később befejezte karrierjét.