Még olyan házi tengerimalacok is megbetegedhetnek, amelyek nincsenek érintkezésben más állatokkal. Az átviteli útvonalak nagyon különbözőek. Néha a betegség kiváltója csak az elhanyagolt higiénia és stressz az állat számára. Ezt könnyen meg lehet akadályozni, ha rendszeresen megtisztítjuk azokat a helyeket, ahol a tengerimalac mozog, és nem teszi szükségtelenül stresszhelyzetnek a tengerimalacot.
A tengerimalacok gyakori betegségei az ektoparazita fertőzéssel járó bőrbetegségek. A kopoltyúk, a tetvek, az atkák és a rüh irritálják a bőrt, viszketni kezd, és az állat folyamatosan karcolódik. A karcolás következtében a bőr megsérül, sebek képződnek rajta és a haj kihull. Ha a tengerimalac túlzottan megkarcolódott, meg kell látogatnia egy állatorvost, aki meghatározza a helyes diagnózist és meggyógyítja kedvenceit. A bőrt gombák is megfertőzhetik, amelyek fertőzött ágyneművel vagy szénával fertőzhetik meg a tengerimalacokat. A gombák kezelése hosszadalmas, de nem lehetetlen. Óvakodjon ezektől a bőrbetegségektől, a tengerimalac kezelése után figyeljen a fokozott higiéniára.
A benőtt karmok gyakran problémát jelentenek azoknak az állatoknak, akik nem mozognak kemény szőnyegen, ahol természetes módon koptatnák őket. A nagyon benőtt karmok oldalra csavarodnak, mint a dugók, vagy párnákká nőnek, ami nagyon fájdalmas. Megoldása egyszerű, csak rövidítse le a karmokat, pl. karmos fogó kutyák számára.
A szívbetegség nem gyakori a tengerimalacokban. Ritka esetekben ez a szívbetegség stressz vagy a test túlmelegedése miatt. Ebben az esetben azonnal forduljon állatorvoshoz, és ne terhelje feleslegesen a tengerimalacot.
A tengerimalacokban gyakoriak a légzési problémák. Megfertőződhetnek bakteriális és vírusos betegségek széles skálájával. Akár embertől is megfertőződhetnek. Légzőszervi megbetegedések esetén a tengerimalac apatikus, nem eszik, tüsszög és lázas. A gennyes orrfolyás is jellemző. A beteg tengerimalacokat különítsük el más tengerimalacoktól, és ne felejtsük el biztosítani a megfelelő higiéniát a beteg állat kezelése után.
Az emésztőrendszeri betegségek nagyon gyakoriak. A tengerimalacokat a nyálmirigyek gyulladása, életveszélyes timpania (duzzanat) szenvedheti, amelyek során 24 órán keresztül a tengerimalacból az összes ételt elveszi, és a lehető leghamarabb felkeresi az állatorvost. A különféle bakteriális fertőzések (E. coli) és parazita fertőzések az emésztőrendszer fontos kórokozói. Ezek közül a leggyakoribb a kokcidiózis. Tipikus tünet a súlyos hasmenés, amely néha hasmenéssel jár. A táplálkozási hibák által okozott másik betegség a székrekedés.
Egyéb egészségügyi problémák közé tartozik a szem, a fül, a nemi szervek és a húgyúti gyulladás, de ezek ritkábban fordulnak elő, mint a fent említett betegségek.