A legpontosabb és sok szakértő szerint az élelmiszer-intolerancia diagnosztizálásának és megerősítésének egyetlen elfogadható módszere az eliminációs étrend. Ezt azonban szakképzett dietetikusokkal folytatott szoros konzultáció során, és ha lehetséges, felügyelete mellett kell gyakorolni. E módszer kulcsszava a szigorúság. Meg kell jegyezni, hogy ha ki akarjuk venni a laktózt az ételből, akkor nem lesz elég abbahagyni a tejivást és nem enni joghurtot. Kerülnünk kell minden olyan terméket, ahol laktóz vagy különféle egyéb tejszármazékok jelenhetnek meg. (pl. laktózt adnak süteményekhez, cukrászdákhoz, sőt sonkához vagy más húskészítményekhez is). Tehát nem kerüljük el a címkék és a betegtájékoztatók alapos vizsgálatát.
Az eliminációs étrend során a gyanús ételeket 5-10 napig kizárjuk az étrendből, és ez idő után egyesével felvesszük őket az étrendbe. Ha újra ételt intoleranciát okozó ételt fogyasztunk, akkor a tünetek 2 órán belül megjelennek. Gyakran előfordul, hogy az étel megvonása után néhány elvonási tünet jelenik meg. Ezek azért fordulnak elő, mert az ételt hirtelen eldobják. Ez összehasonlítható azzal a helyzettel, amikor a migrénben szenvedők migrént kapnak, ha kihagyják a reggelit. Ezek a tünetek sok embernél jelentkeznek, de egy héten belül ismét eltűnnek. Ne feledje azonban, hogy mindannyian mások vagyunk, ezért ha az elvonási tünetek valamivel tovább tartanak, ne adja fel.
Ha egy étkezés kihagyása után jobban érezzük magunkat, és a tünetek enyhülnek, elkezdhetjük az egyes étkezések vagy étkezési csoportok hozzáadását az étlapunkhoz. Ezt fokozatosan tesszük, és egyszerre csak egyfajta ételt adunk hozzá, hogy a lehető legnagyobb bizonyossággal megjelölhessük a "tettest". De ne felejtsük el, hogy időt kell adnunk a testnek a hozzáadott étel tesztelésére, és biztosan tudnunk kell, hogy a későbbi tüneteket az adott étel vagy élelmiszercsoport okozza. Ezért tegyünk még egy ételt 4-5 nap után, tünetek nélkül. Mint már tudjuk, a tünetek a bevétel után néhány nappal megjelenhetnek, ezért semmiképpen sem rövidíthetjük le ezt az időt. Nagyon fontos lehet, ha egyfajta étkezési naplót vezetünk, amelyben megjelöljük, hogy mit ettünk valaha és mit éreztünk akkor.
A vérvizsgálatok könnyebb, rövidebb és sokkal kevésbé fáradságos módszer az olyan élelmiszerek kimutatására, amelyekkel szemben intoleránsak vagyunk. Ezek a tesztek tesztelik az IgG antitestek válaszát (ELISA teszt) vagy a leukociták reakcióképességét (ALCAT teszt) az ételekkel szemben. Ugyanakkor hozzá kell tennünk, hogy ezeknek a teszteknek a hatékonyságát még nem tudományosan teljesen megerősítették. Az eddigi kutatások azonban azt mutatták, hogy sok beteg javult a vérvizsgálatokkal jelzett ételek kiküszöbölése után. Például egy, a York Egyetemen végzett, 5200 emberrel végzett tanulmány megállapította, hogy azoknak a tesztelteknek a 70% -a, akik kizárták a tesztre jelzett ételeket és újból felvették őket az étrendbe, egy év után sem tapasztalták a tünetek súlyosbodását. Bár nem sikerült egyértelműen bizonyítani, hogy az IgG közvetlenül kapcsolódik az ételintoleranciához, a tanulmány kimutatta, hogy az étel-intolerancia okozta tünetek gyakran megszűntek, amikor a betegek követték az IgG-teszt eredményeit.
Miután azonosítottuk a testünk számára az "ellenséges" ételeket, hosszú ideig teljesen ki kell szüntetnünk azokat. Ez időt ad a testünknek a pihenésre, és megpróbálja helyreállítani a toleranciát az adott ételek iránt, hogy esetleg újra visszatérhessük az asztalunkhoz.
Mint már említettük, a vizsgálati eredményekből származó következtetéseket konzultálni kell az orvossal és a dietetikussal, mert a tesztek helytelen értelmezése, helytelen lépések vagy az ételek kizárása további étrendi hibákhoz vezethet. Ez azt eredményezheti, hogy feleslegesen megfosztjuk testünket a fontos anyagtól, és így még jobban károsíthatjuk.