Az 1990-es években tanúk tettek tanúkat a nyomozó előtt, aki titkos akták ellopásával foglalkozott a trencséni ŠtB-fiók volt székházából, Mečiar együttműködéséről az Állambiztonsági Szolgálattal. A napilap szerint Mečiar gyanús volt, hogy a szelíd forradalom után, amikor szlovák belügyminiszter lett, ellopták az iratokat.
Mečiar állítólag abban az időben hozta az ŠtB-be, amikor vállalati ügyvéd volt. A napilap szerint barátja és Dubček sógora, Vladimír Krajči révén közel állt Dubčekhez, aki a hatvanas évek végén sikertelen kísérletet tett a csehszlovákiai társadalmi viszonyok enyhítésére.
Mečiar együttműködésével az ŠtB-vel a kommunizmus bukása óta Csehszlovákiában spekulálnak. A Mečiarról, mint a titkos együttműködés jelöltjéről szóló, Doktor kódnévvel ellátott kötetet 1985-ben alapították. A megőrzött dokumentumokból azonban nem derül ki, hogy Mečiar tudatosan működött-e együtt a titkosrendőrséggel. A napilap szerint a titkos együttműködésre jelölt kategóriába sorolt személynek nem kellett tudnia a ŠtB-vel való állítólagos együttműködésről.
Mečiar, aki már nem aktív a magas politikában, korábban többször is azt állította, hogy nem működött együtt az Állambiztonsági Szolgálattal, és nem hozta el Dubčeket.