Charlie lázba lépett, és himlő jelent meg a nyakán. A kisfiú karcolással megvakarta a testét, de szülei nem is sejtették, mennyire veszélyes. Charlie testét húsevő baktérium támadta meg, ezt a betegséget nekrotizáló fasciitisnek is nevezik és öt nappal később kórházba kellett szállítani. A baktérium miatt a szívverése 227 ütés/perc volt, a nyaka megfeketedett, és vérmérgezést kapott.
Az orvosoknak mesterséges alvásra kellett aludniuk, és 7 órás műveletet kellett végrehajtaniuk, hogy eltávolítsák az elhalt szövetet a nyakából.,Az orvosok nem hitték abban, hogy túléli a műtétet, és gyakorlatilag azt mondták, hogy búcsúznunk kell tőle. Olyanok voltunk, mint egy transzban "- mondta Alan apja a The Sun szerint. A műtét a vártnál jobban sikerült, de szövődmények léptek fel. A veséje meghibásodni kezdett, és az egyik tüdeje összeomlott. Hosszú 12 napos mesterséges alvás kellett ahhoz, hogy Charlie állapota stabilizálódjon. Testét rengeteg folyadékkal kellett feltölteni, ami majdnem megduplázódott.
Bár a himlővel kapcsolatos szövődmények ritkák, Charlie szerencsésen túlélte a fertőzést. Halotti tapasztalatai eredményeként a nyakán több centiméteres nagy sebek és állandó hegek voltak. A szülők orvosai figyelmeztették Charie-t elhúzódó hallási problémái lehetnek, és lehet, hogy nem képes halk hangokat hallani, amelyet szerintük a szepszis okoz.