Ott az osztrák rendőrség őrizetbe vette a Németországban a Technopol-ügy kapcsán neki kiadott nemzetközi elfogatóparancs alapján. Ifj. Michal Kováč elrablása az akkori hivatalban lévő miniszterelnök, Vladimír Mečiar (HZDS) és Michal Kováč elnök és az eset a szlovák politikai színteret jelölte meg a következő évtizedekre.
Az akkori nyomozók az elrablás elkövetőiként a Szlovák Információs Szolgálat (SIS) egykori igazgatója vezetése alatt álló tagjait azonosították. A nyomozás során több nyomozócsere folyt és ifjabb Michal Kováč. Szlovákiában a csalás bűncselekményének elősegítésével vádolták. Az elnök fiának Ausztriából való visszatérését követően az elrablása nyomozását bizonyítékok hiányában felfüggesztették. Michal Kováč Jr. Németországba, ahol tanúskodni akart a Technopol-ügyben, útlevelét az osztrák határátkelőhelyen lefoglalták.
1997 decemberében Michal Kováč elnök kegyelmet adott fiának. A szlovákiai büntetőeljárás leállt ellene, és mehetett egy német bíróságra, ahol rövid letartóztatás után óvadék ellenében szabadlábra helyezték. Hivatali ideje lejártával Michal Kováč Szlovákiának nem választottak új elnököt. A megszerzett hatalmakat Vladimír Mečiar miniszterelnök használta fel, és az elnök fia elrablásának elkövetői amnesztálták.
Az 1998-as parlamenti választások után Mikuláš Dzurinda (SDK) új miniszterelnök és köztársasági elnökhelyettes úgy döntött, hogy töröl néhány cikket Mečiar amnesztiájában, és engedélyezte a rendőrség számára ifjabb Michal Kováč elrablása ügyében. dolgozzon tovább. A HZDS képviselőinek egy csoportja az Alkotmánybírósághoz fordult, amely kimondta, hogy semmilyen amnesztiát nem lehet visszavonni vagy megváltoztatni. Az akkori emberrablási nyomozás, amely más súlyos esetekkel is járt, számos vádemeléssel járt, a SIS volt tisztviselőinek fogva tartása, konkrét vádak és későbbi feloldásuk.
Az elrabolt Michal Kováč ifj. Technopol-ügye 2000 februárjában ért véget, amikor egy hatéves tárgyalást a müncheni bíróság leállított, kijelentve, hogy nem várható elítélése. A befizetett kaució Németország javára esett. A Mečiar amnesztiájának megtörésére tett számos sikertelen kísérlet után 2017. április 5-én sikerült., amikor a Szlovák Köztársaság Nemzeti Tanácsának képviselői határozatukkal, Michal Kováč volt elnök kegyelmével együtt, amelyet fiának adott, megsemmisítették őket. A jelenlévő 144 képviselő közül 129 szavazott az úttörő határozat elfogadása mellett. A jogalkotók abban is egyetértettek, hogy az amnesztált cselekményeknek nincs elévülése. Az elfogadott határozatnak a szlovák alkotmánynak való megfelelését az Alkotmánybíróság 2017. május 31-én megerősítette.
Ifj. Michal Kováč bevezetésének esete évekkel később külföldre került a bírák előtt, akiknek dönteniük kell róla. A hozzá kapcsolódó fájlok több tízezer oldalasak.