Krupská tovább írt Leninnel a börtönben. Sokat dolgozott, önállóan tanult angolul. Anyja, Erzsébet Vasziljevna nehezen tudta túlélni letartóztatását, és betegségének ürügyén megpróbálta minél hamarabb szabadon engedni. De a kérései észrevétlenek maradtak. Az ítélet kihirdetése előtt 1897. március 12-én engedték szabadon. A felszabadulás után azonnal csatlakozott a harci unióhoz. Rendszeresen írt Leninnek száműzetésben, Szusszenszkoje faluban.
1897. december végén kihirdették Krupská ítéletét: három év száműzetés az Ufa tartományban. Krupská a Belügyminisztériumhoz fordult, hogy menjen Šušenskoje faluba, azzal érvelve, hogy állítólag Vlagyimir Iľjič Uľjanov politikai száműzetésének tettette magát, és kéri a száműzetés két évre való csökkentését, mivel Lenin száműzetése véget ért 1900. Šušenský megkapta, de a kifejezést nem rövidítették le. 1898. április közepén Nadezhda édesanyjával, Erzsébet Vasziljevnával együtt, aki úgy döntött, hogy lányával együtt elviseli a száműzetést, Suszenkóhoz ment.