A film 1986 legnagyobb bevételt hozó filmjévé vált. Cruise a Top Gun óriási sikerét követte kritikusok által elismert és kereskedelmileg sikeres filmek sorozatával, köztük A pénz színe (1986), Paul Newman, az Esőember társszereplésével. (1988), Dustin Hoffman főszereplésével és Oliver Stone rendező Július negyedikén született (1989) című filmjével, amelyekért Cruise Oscar-jelölést és Golden Globe-ot kapott a legjobb színésznek.
Cruise 1987-ben ment feleségül Mimi Rogers színésznőhöz; a pár 1990-ben vált el, ugyanabban az évben, amikor Cruise elkészítette a Days of Thunder versenyautó-drámát egy Nicole Kidman nevű fiatal ausztrál színésznővel. Bár a film képlékeny volt, és viszonylag kudarcot vallott a kritikusok körében és a pénztárnál, a két főszereplőnek igazi kémia volt. 1990 karácsony estéjén Cruise és Kidman a coloradói Telluride-ben házasodtak össze, miután forgószél udvarolt.
1992-ben Cruise még egyszer fellépett, hogy megtartsa a képernyőn megjelenő legendával szemben - ebben az esetben Jack Nicholson volt a nehéz ütője - a katonai tárgyaló drámában, a Néhány jó emberben. Demi Moore is szerepelt. Az elkövetkező néhány évben Cruise készített néhány közepesen jól fogadott filmet, köztük A cég (1993) és az Interjú egy vámpírral (1994), Brad Pitt főszereplésével, majd 1996-ban két hatalmas slágerrel - a 64 dollárral - ismét kitört. millió sikerfilm, a Mission: Impossible, amelyet Cruise is produkált, és a nagy elismeréssel bíró Jerry McGuire, Cameron Crowe rendezésében. Utóbbiért Cruise egy második Oscar-jelölést és egy második Golden Globe-ot kapott a legjobb színésznek.
Cruise és Kidman 1997 és 1998 nagy részét Angliában töltötték, forgatták az Eyes Wide Shut című erotikus thrillert, amely Stanley Kubrick rendező utolsó filmje volt, még 1999-ben bekövetkezett halála előtt. A filmet 1999 nyarán adták át vegyes kritikáknak. 1999-ben Cruise megjelent a kritika által elismert Magnolia együttes filmben, és sokat emlegetett előadásban olyan magabiztos szexguruként lépett pályára, amely Golden Globe-díjat és Oscar-jelölést kapott a legjobb mellékszereplőnek. 2000-ben Cruise szerepelt a várva várt Mission: Impossible 2 slágerben Anthony Hopkins, Thandie Newton és Ving Rhames mellett. A következő projektek között szerepel a Vanilla Sky, Cameron Diaz és Penelope Cruise, valamint a Minority Report, Steven Spielberg rendezésében.
Cruise a Szcientológia Egyház elkötelezett tagja. Kidman és Los Angeles, New York, Colorado és Sydney otthonai között osztották el idejüket.