A múlt század második felétől körülbelül 1918-ig a mai pszichiátriai kórház helyén voltak vasfürdő - a Kis-Kárpátok ezen része különféle ásványi anyagokat tartalmaz, a fürdő közvetlen közelében antimonbányák is voltak. Mivel ennek a hegyi szőlőskertnek a festői környezete vonzotta a kikapcsolódást, a fürdő kirándulóhely volt a környék, de Pozsony lakói számára is. Az utolsó tulajdonos, Lukáč úr, 1924-ben a kezdeményezésről, amelyet utólag nem lehetett megállapítani, mivel a történelem nem rögzítette, szerződést kötött az akkori Prágai Egészségügyi Minisztériummal a tartósan elmebetegek hotelesítésére . Kezdetben a betegek csak férfiak voltak, először 130 ágyon, később 150 ágyon. A napi betegenkénti díj ekkor 21-23 korona volt.
V. r. 1938-ban a fürdő részvényei a pozsonyi Frič építőipari cég tulajdonába kerültek. Az egykori bányakúriák alapos felújítása után egy női kórtermet állítottak üzembe, és egy másik részévé vált, amely addig az antimonbányák főmérnökéhez tartozott, amely az ágyak számát 250-re növelte. Az új tulajdonosok összekötő utat is építettek a férfi és a női részleg között. Mivel az intézet az akkor még független Cajla falu (ma Pezinok része) területén volt, az egész lakosság körében neve "Cajla-intézet", vagy egyszerűen Cajla volt. A Csehszlovák Köztársaság helyreállítása után 1947-ben a kórház működése a pozsonyi Egészségügyi Bizottság alá került, mint "Állami Agyi Betegségek Orvosi Intézete". Az r. 1950-ben az intézetnek már 330 ágya volt, és Matulay professzor akkori igazgató kezdeményezésére 1952-ben 20 ágyas pedopszichiátriai osztály jött létre.
1957-ben az orvosi intézet új státuszt kapott - 350 férőhelyes Regionális Pszichiátriai Kórház lett, 1961 óta a betegeket öt alapellátási osztályon kezelték. Tíz évvel később, 1962-ben, az újonnan épült, gyermekek és serdülők számára kialakított pavilonban 76 gyermekgyógyászati ágy került hozzá. A pezinoki kórház Szlovákia legnagyobb pszichiátriai kórházává válik. A modern idők által megkövetelt küldetésének teljesítése érdekében prof. Pogády az r-ben. 1970-ben alapították a Kutatási Pszichiátriai Laboratóriumot, amely először az Emberi Bioklimatológiai Kutatóintézetben, később pedig az Orvosi Bionika Kutatóintézetben dolgozott. Ugyanakkor az eredeti igazgatási épület földszintjén a pozsonyi Dérer Kórház Idegsebészeti Klinikájával együttműködve sztereotaktikus műtét műtétjét alakították ki.
Az r. 1971-ben létrehozták a pszichiátriai ápolói képzési bázist a KAP Pozsonyi Továbbképzési Intézetében (a mai SZU elődje).
Az 1989 utáni társadalmi és politikai változásoknak, valamint a pszichiátriai ellátás reformjának megfelelően a következő igazgató, Pavel Černák szándéka az volt, hogy a pszichiátriát egyenlő alapon vegye igénybe a többi orvosi osztályral, amit többek között a státusz megszerzésével értek el Pszichiátriai Kórház 1994.
1995. február 1-jén a kórházat egy neves francia orvos és a pszichiátria első reformere tiszteletére Philipp Pine Pine Pszichiátriai Kórháznak nevezték el.
Az r. 2005-ben az egészségügyi miniszter döntésével a kórházat összevonták a pozsonyi egyetemi kórházzal.
2006. március 1-jén a kórház visszanyerte eredeti független jogi személyi státusát.