asszociációja

  • absztrakt
  • a cél:
  • mód:
  • az eredmények:
  • következtetés:
  • bevezetés
  • Anyagok és metódusok
  • elemeket
  • DNS előállítás
  • A polimorfizmusok és a genotipizálás kiválasztása
  • Statisztikai analízis
  • az eredmény
  • A minta jellemzői
  • Genotipizálás és az allélek száma
  • Génszövetség SOCS3 az elhízáshoz kapcsolódó mennyiségi jelekkel
  • Általános elemzés
  • Rétegzett nemzetiségi elemzés
  • Lineáris regresszióanalízis
  • vita
  • A szerző közreműködése

absztrakt

Az SOCS3 gén fontos szerepet játszik az elhízás patogenezisében állatmodellekben, de humán vizsgálatokból származó adatok viszonylag korlátozottak. A probléma megoldására elemezték a különböző genetikai eredetű, hasonló környezeti körülmények között élő nemzetiségek genetikai társulását.

mód:

A kínai Hszincsiangban kazah, ujgur és hán nemzetiségből kétszáztizenegyet véletlenszerűen vettek fel. A SOCS3 génen belül vagy közelében található SNP polimorfizmusokat rs4969168 és rs9892622 genotipizáljuk TaqMan-MGB testu assay-vel. Társulási vizsgálatot végeztek két polimorfizmus és az elhízással kapcsolatos jellemzők között (testtömeg-index [BMI]; derék-csípő arány [WHR]; súly; magasság, derék és csípő mérése)].

az eredmények:

Jelentős összefüggést találtak az rs4969168 és az elhízással kapcsolatos tulajdonságok, köztük a BMI között (AA esetén 25, 32 ± 3, 49 kg/m2, AG esetén 24, 60 ± 3, 70 kg/m2, 24, 39 ± 3, 42 kg/m2 GG esetén, P = 0, 042)., súly (65, 58 ± 11, 42 kg AA esetén, 63, 50 ± 11, 30 kg AG esetén, 62, 00 ± 10, 78 kg GG esetén, P = 0, 011) hán nemzetiségű, de nem kazah vagy ujgur nemzetiségű. Az ujgur férfiaknál az Rs9892622 szignifikánsan társult a BMI-vel, a WHR-rel és a WAIST-rel. Az Rs9892622 a kazah férfiak BMI-jéhez is társult. A lineáris regressziós elemzések igazolták a fenti eredményeket. Azonban e két polimorfizmus egyikét sem hozták összefüggésbe az elhízással kapcsolatos tulajdonságokkal az általános populációban.

következtetés:

A SOCS3 génben vagy annak közelében található rs4969168 polimorfizmus jelentős hatást gyakorol a hán nemzetiségre, míg az rs9892622 az ujgur és a kazah nemzetiség elhízásával társult a kínai Hszincsiangban.

Az elhízás világszerte jelentős közegészségügyi probléma, amely minden korosztályt és etnikumot érint 1. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) szerint világszerte legfeljebb egymilliárd túlsúlyos ember él, akik közül 300 milliót klinikailag elhízottnak minősítenének (www.who.int). Ezenkívül a helyzet a legtöbb fejlett országban súlyosabb. Az elhízás számos egészségügyi probléma fő kockázati tényezője, például szívbetegség, 2-es típusú cukorbetegség és a legtöbb rák 2; emellett a fejlett országokban az összes egészségügyi kiadás 7,8% -át teszi ki. Számos tanulmány próbálta bemutatni az elhízás patogenezisét.

Számos elhízással járó gént fedeztek fel, az egyik legfontosabb az SOCS3 (a 3. citokin szignál szuppresszora), amely a 17q24-17q25 kromoszóma régióban található. Az SOCS3 visszacsatolás-gátlóként működik a különféle citokin-szignálok számára, és gátolja a leptin és az inzulinjelátviteli út lefelé irányuló lépéseinek működését a 4., 5., 6., 7. energiamérleg szabályozásában. Bár ezt a funkciót állatmodellekben is megerősítették, az emberi vizsgálatokból származó asszociációs adatok viszonylag korlátozottak. Talbert és mtsai. Kimutatták, hogy a SOCS3 gén a testtömeg-indexhez (BMI), a zsigeri zsírhoz (DPH) és a derék kerületéhez (WAIST) kapcsolódik a spanyol családokban Jamshidim et al. 9. ábra a SOCS3-ban elterjedt polimorfizmusok (rs4969169, rs12953258 és rs8064821) asszociációs elemzéséről két normális nőstény iker között, testtömeg, inzulinérzékenység vagy lipidprofil vizsgálatával, a három polimorfizmus egyikét sem találták összefüggésben az elhízással. A SOCS3 gén kódoló szekvenciájában és promóter régiójában (beleértve -920 C> A (rs12953258) és -1044 C> A) két polimorfizmus asszociációs elemzésének vizsgálata rendkívül elhízott német gyermekeknél és serdülőknél azt mutatta, hogy nincs összefüggés megfigyelt. .

Ez a jelentés a SOCS3 gén és az elhízással kapcsolatos jellemzők közötti kapcsolatra összpontosít a kazah, uruguayi és hán nemzetiségű embereknél a kínai Xinjiang tartományban. Két SNP polimorfizmust választottunk ki a HapMap tag-polimorfizmusok és a korábbi G SOCS3 és 2-es típusú diabetes mellitus vizsgálatok adatai alapján: négy független vizsgálati populáció metaanalízise. PLoS One 2008; 3: e3852. "Href =/articles/aps201184 # ref11 aria-label =" Reference 11 "data-track = click on data-track-label = link> 11, 12. Az egyik polimorfizmus az A + 930 → G (rs4969168) polimorfizmus, amely a SOCS3 gén 3'UTR-jében található, amely egy SNP-t jelölő haplotípus (htSNP), amely kielégítően lefedi az egész gén genetikai variációját. SOCS3 gén, és úgy tűnik, hogy ésszerű funkcionális jelölt a SOCS3 lokuszra és az elhízásra .

Anyagok és metódusok

elemeket

Az alanyokat (n = 2711) három növényből választottuk ki Xinjiangban, Kínában. Valamennyi alany normál orvosi vizsgálaton esett át, és véletlenszerűen választották ki őket, ezek közül 1045 kazah, 804 ujgur és 862 han 19 és 87 év közötti volt. A tanulmányt a helyi etikai bizottság jóváhagyta, és minden résztvevő megalapozott beleegyezést adott. Az álló magasságot (magasságot) 0,01 m pontossággal mértük sztadiométerrel. A testtömeg (tömeg) mérését (0,01 kg pontossággal) mérőgép segítségével végeztük. A testtömeg-indexet (BMI) a kilogrammban kifejezett tömeg és a magasság négyzetméterének hányadosa szerint számítottuk. Végül a derék kerületét (WAIST), a csípő kerületét (HIP) és a derék/csípő arányát (WHR) a korábban leírtak szerint határoztuk meg13 .

DNS előállítás

Az összes minta perifériás vér leukocitáiból genomi DNS-t extraháltunk fenol-kloroform nukleinsav extrakciós módszerrel. A minták genomi DNS-koncentrációit NanoDrop spektrofotométerrel (Thermo Fisher, Boston, MA, USA) mértük, és alkalmasak voltak elemzésre, amikor a 260/280 hullámhossz-arány 1,7-2,0 tartományban volt, 10 ng/ul-ra hígítva. a munka koncentrációja.

A polimorfizmusok és a genotipizálás kiválasztása

Két SNP változatot választottunk ki: rs4969168 és rs9892622. Az RS4969198 jelölést tagSNP-ként választották ki, hogy lefedje az SOCS3 összes kapcsolódó polimorfizmusát, amelyek a nemrégiben közzétett HapMap adatokon alapulnak. Mivel a közös variánsok fogékonyak a gyakori betegségekre, ezért egy másik, viszonylag nagy gyakorisággal rendelkező funkcionális lokuszt, az rs9892622-t választottunk az SOCS3 promoter régióban. A genotipizálást az 5'-nukleáz TaqMan-MGB ™ assay segítségével végeztük 384 lyukú lemezeken és az ABI PRISM 7900HT szekvencia detektáló rendszerrel (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). A nyers adatokat a végén olvastuk fel, és három csoportba soroltuk, amelyek három genotípust reprezentáltak.

Statisztikai analízis

Az adatokat SPSS (13.0 verzió) segítségével elemeztük. Bármely más elemzés előtt az allélfrekvenciák maximális valószínűségének becslését a Hardy-Weinberg egyensúlyi (HWE) arányoktól való eltérésekre teszteltük a jó állapotú khi-négyzet teszt segítségével annak biztosítására, hogy ne forduljon elő tipizálási hiba vagy torzítás a populáció szerkezetében . Az elhízással (BMI, magasság, súly, WHR, WAIST és HIP), a jellemző változatok (életkor, nem, stb.) És a genotípusok mennyiségi jellemzőinek megoszlását a három nemzetiség között egyirányú ANOVA-val elemeztük SNK teszttel. T-tesztet (független minták) alkalmaztunk a változatok eloszlásának tesztelésére a különböző nemek között. A nemzetiség és a nem szerinti rétegzett elemzést végeztek a környezeti és genetikai tényezők kölcsönhatásának vizsgálatára. Lineáris regresszióanalízist is alkalmaztak az elhízással kapcsolatos tulajdonságok fontosságának meghatározására. A túl sok, az elhízással kapcsolatos tulajdonság mérése által okozott túlkorrekció elkerülése érdekében a regressziós elemzésbe csak az életkor, a nemzetiség, a nem és a genotípus változatait vették fel. A P konfidenciaszintet a fenti teszteknél 0,05-re állítottuk be.

az eredmény

A minta jellemzői

A hiányzó adatokkal rendelkező minták eltávolítása után a teljes populáció n = 2667 mintával maradt, amely három fajt, Kazah, Uygur és Han; az egyes fajokból származó minták száma és azok aránya a teljes populációból 1017 (38, 14%), 798 (29, 92%) és 852 (31, 94%) volt. A minta jellemzőinek megoszlását (az elhízással kapcsolatos tulajdonságok átlag ± SD és az SNP polimorfizmus genotípusok megoszlása) az 1. táblázat mutatja be. Ezen változatok statisztikai különbségeit a nemzetiségek között Fisher LSD teszttel határoztuk meg. Az adatok azt mutatták, hogy az összes változat (életkor, BMI, súly, magasság, WHR, WAIST, HIP, rs4969168 és rs9892622) statisztikailag különbözött a három nemzetiség között, és jelezték, hogy a génpolimorfizmusok és a környezeti tényezők kölcsönhatásának elemzése az általános populációban nem megfelelő; inkább az egyes nemzetiségek egyes populációin belüli kölcsönhatás hatásainak külön elemzése lenne megfelelőbb.

Asztal teljes méretben

A variánsok eloszlását a polimorfizmusok kivételével a különböző nemekben statisztikailag is elemeztük független mintákkal a t-tesztben (2. táblázat). Megállapították, hogy a WHR kivételével a variánsok jelentősen különböztek a férfiak és a nők között. A genotípusos polimorfizmusok eloszlását a különböző nemekben x2 négyzet próbával elemeztük; nem találtak különbséget a nemek közötti genotípusos gyakoriságokban, ami azt jelzi, hogy nincs írásbeli hiba vagy hiba.

Asztal teljes méretben

Genotipizálás és az allélek száma

Az rs4969168 és az rs9892622 genotipizálásának sikere 97,4% volt. Az rs4969168 és rs9892622 SOCS3 allél frekvenciákat összegyűjtöttük a teljes populációra és az egyes alcsoportokra (faj szerint osztályozva) (1. táblázat). A kazah, az Uygur és a Han szubpopulációkban az rs4969168 allél frekvenciája 0,582, 0, 625 és 0,572, az rs9892622 allél frekvenciája pedig 0,453, 0, 499 és 0,452 volt. Weinberg egyensúly (P> 0,05) . Egyirányú ANOVA-t használtunk annak megállapítására, hogy a polimorfizmusok megoszlása ​​statisztikailag különbözött a három nemzetiség között.

A SOCS3 gén asszociációja az elhízáshoz kapcsolódó kvantitatív tulajdonságokkal

Általános elemzés

A két polimorfizmus (rs4969168 és rs9892622) és a BMI, a WHR, a magasság, a súly, a WAIST és a HIP összefüggését egyirányú ANOVA-val és SNK-vizsgálattal határoztuk meg, de a két polimorfizmus és a kvantitatív értékek közötti összefüggésre nem találtak bizonyítékot. jellemzői az általános populációban.

Rétegzett nemzetiségi elemzés

Mivel az elhízást a környezeti és genetikai tényezők kölcsönhatása okozza, és a fenti adatok kimutatták a nemzetiségek vagy a nemek közötti különbségeket az elhízással kapcsolatos jellemzők tekintetében, azt javasolták, hogy a környezeti háttér, faj, nem vagy életkor jelentősen kölcsönhatásba léphet a polimorfizmusokkal, amelyek elhízáshoz vezethet . elhízáshoz vagy a kapcsolódó jelekhez. Ezért a rétegzett elemzést a nemzetiség és a polimorfizmus kölcsönhatása alapján végeztük. Bár a teljes populációban nem figyeltünk meg szignifikáns különbséget a három rs4969168 genotípus között, az adatok arra utalnak, hogy jelentős különbség van az alcsoportokban (3. és 4. táblázat). Jelentős különbségeket találtunk az átlagos BMI, súly és WAIST között az rs4969168 genotípusok páronkénti összehasonlítása között. Bár az összehasonlított párok többségét nem találták statisztikailag szignifikánsnak, megfigyelhető tendenciák voltak (3. táblázat). A Han csoport adatai alapján a G allél gyakoriságának növekedésével a BMI, a súly és a WAIST mérések csökkentek, ami arra utal, hogy a G allél szerepet játszhat a csökkent testsúly fenntartásában a Han csoportban. A kazah csoportban azonban ellentétes tendencia volt tapasztalható, az Uygur csoportban azonban nem. Ennek a tendenciának a lehetséges okaival a vita második részében foglalkozunk tovább.

Asztal teljes méretben

Asztal teljes méretben

Az rs9892622 tekintetében az elhízással kapcsolatos tünetek tekintetében nem figyeltek meg szignifikáns különbséget a teljes populációban. Statisztikailag szignifikáns eredmények csak az Uygur csoport férfi szubpopulációjában jelentek meg, de az adatkészletekből nem lehetett nyilvánvaló tendenciát összefoglalni (5. és 6. táblázat).

Asztal teljes méretben

Asztal teljes méretben

Lineáris regresszióanalízis

Csakúgy, mint az rs4969168 esetében, a teljes populációban sem voltak bizonyítékok összefüggésre az rs9892622 és az elhízással kapcsolatos jellemzők között, de a rétegzett elemzésben erős kapcsolat mutatkozott. Érdekes, hogy az rs4969168-mal ellentétben az rs9892622 inkább a kazah és az ujgur populációban, mint a han populációban társult a BMI-vel, a testsúlygal és a WAIST-rel.

Összefoglalva, függetlenül attól, hogy a súlykontrollt különféle patogén tényezőknek vagy az etnikai haploblokkok megoszlásának tulajdonítják-e, a genetikai háttér minden bizonnyal alapvető szerepet játszik. Jelenlegi adataink szerint az rs4969168 és rs9892622 elhízással jár, és az asszociációs hatás nemzetiségenként és nemenként változik. További vizsgálatra van szükség a patogén lokuszok finomhangolásához és az SOCS3 funkcionális hatásának feltárásához az elhízásban.

A szerző közreműködése

Wei TANG kutatásokat tervezett, kísérleteket végzett és cikkeket írt; A kutatást Yong-quan SHI és Zhi-min LIU tervezte; Az elemzési eszközökkel Jun-jie ZOU és Jiao-yang ZHENG járultak hozzá; valamint Xiang-fang CHEN és Hua-zong ZENG elemezte az adatokat.