Váratlanul Tom majdnem egy évtizedes házasság után elvált Nicole Kidmantől, szerinte "leküzdhetetlen különbségek" miatt. Nicole szerint a válást nem előzte meg veszekedés vagy figyelmeztető jel. A színész decemberben, házasságuk tizedik évfordulója előtt beadta a válópert.
Az év elején azonban Nicole megtudta, hogy babát vár Tomival, de a váló stressz miatt elvetélt. Két gyereket örökbe fogadtak a kapcsolat során, jelenleg mind odaadó szcientológusok, és alig találkoznak Nicolével.
Ennek ellenére Nicole soha nem bánta meg, hogy feleségül vette Tomot. Abban az időben, amikor találkoztak, csak 22 éves volt, és azt állítja, hogy csak egymásnak éltek. A kapcsolat során azonban kétségei voltak különösen önmagával kapcsolatban.
"Nagyon fiatalon lettem híres. Híres voltam, mert egy híres felesége voltam. Csillagnak éreztem magam csak ezért a kapcsolatért. Az első filmjeimet nem tartottam túl jónak, ezért igyekeztem továbbra is a háttérben lenni. Azt hittem, nem érdemlem meg, hogy ott legyek, ahol vagyok. Amikor elmentünk az Oscar-díjra, úgy éreztem, hogy csak azért vagyok ott, hogy támogassam őt. Úgy éreztem, hogy az a dolgom, hogy gyönyörű ruhát vegyek fel, és többet láthassanak, mint hallják. ”
Viszont utolsó volt felesége, Katie Holmes sokkal rosszabb kapcsolatot élt meg Tomival. Ha azt gondolja, hogy első látásra szerelem volt, akkor téved. A házasságot "szhallgatás" előzte meg más szcientológusokkal, és nem volt egyedül a kiválasztásban. Állítólag más színésznők is, például Scarlett Johansson és Jessica Alba vannak ott. Terhessége alatt nem fordult orvoshoz, de folyamatosan otthon figyelték.
Katie-nak alá kellett írnia egy szerződést, amelyben kimondta például, hogy szülés közben nem szabad kiabálni és beszélni. A válás után azonban még nehezebb volt. Öt évig egyáltalán nem beszélhetett a Tomdal való kapcsolatáról a médiában, megengedték neki, hogy új barátot találjon, de ezt nyilvánosan nem ismerhette el, és nem mutathatta be Suri lányuknak.
Hollywoodban azonban nyilvános titok, hogy Katie sokáig találkozik Jamie Foxx színésszel. Először nyilvánosan jelentek meg a Grammy Awards előtti buliban.
Legutóbb Tom Cruise-t Vanessa Kirby színésznővel társították, A korona sorozatból ismert, és mellette jelenik meg a Mission: Impossible - Fallout c. A forgatás fotói bizonyítják, hogy valóban közel vannak egymáshoz, de a színésznő továbbra is tagadja a pletykákat.